Espera consejo de los Licenciados...
Pero urge...que:
Le recojas los talonarios de todas las facturas en blanco si son impresas y tengas completo tu consecutivo fiscal (facturas llenas numeradas)
Cambies la contraseña de tu CIEC o Firma electronica Avanzada, esa nunca, de los nuncas la entregues .... porque pueden seguir pidiendo folios para facturar.
Exige las declaraciones informativas, las presentadas en ceros y pagos que hayan hecho, para ver si hay calculos simulados.
Contrata un contador de confianza y aun asi...hagan un contrato de servicios profesionales, para que evalue tu situacion.
En el caso extremo que no te entreguen las facturas, puedes ir al Ministerio Publico y levantas una acta por robo de facturas si es que son impresas.