El banco solo puede tomar el dinero de las cuentas a tu nombre (del mismo banco al que le debes), del cheque no puede tomarlo ya que no es tu cuenta, es de la entidad donde trabajas, de hecho el banco desconce a nombre de quien esta el cheque hasta el momento que es cobrado por ti u otro banco, pero tiene la obligacion de entregarte el efectivo integro.
Asi que lo conveniente es que deposites dicho cheque en otro banco en el cual no tengas adeudos, pero sabiendo que el dinero lo tendras disponible hasta el siguiente dia habil despues de las 12, la otra es que lo cobres directamente, pero con el riesgo que conlleva tener el efectivo.